Magica Voxelとかいうソフトを触ってみました。
ボクセルはQ-BLOCKというサイトで作っていたんですが、Magica Voxelは色を作ることが出来ていい感じです。Q-BLOCKは固定色なので…
ていうか機能をあまり理解してないですが、フリーなら十分いい感じだと思います。